软板一般可以经过清洁程序而不受损伤，但是选用黏着剂、清洁剂时仍然要注意其相容性。多数软板业者会有自己的黏着剂配方，这些系统理论上应该经过测试确认品质再上线使用。当进行软板清洁时，多数人会看到软板漂浮、脱离治具，这是因为喷流、清洁剂循环所致，因此清洁机设计必须有过滤机构设计，以免软板脱落造成循环系统损伤。
蒙特娄公约已明订氟氯碳化物禁用规则，这类强清洁剂不能再使用。不过软板似乎比较容易清洁，零件下的一点线路柔软度就可以让清洗变得简单，使得清洁剂较容易达到死角。以黏着剂生产的软板容易在黏着剂上残留助焊剂而造成一些麻烦，但近年来在黏着剂的改善加上绿漆覆盖设计也降低了这类问题。
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